Sequenzierung und Proteindocking sind sehr rechenintensive Aufgaben, die durch den Einsatz CUDA-fähiger Grafikprozessoren einen enormen Leistungsanstieg erfahren. Sehr aktiv werden Grafikprozessoren in einer Reihe von Codes der Bioinformatik und der Lebenswissenschaften eingesetzt.

Die neue NVIDIA Tesla Bio Workbench eröffnet Biophysikern und Chemoinformatikern völlig neue Möglichkeiten in der biochemischen Forschung. Wissenschaftliche Arbeitsabläufe werden optimiert und Forschungsergebnisse beschleunigt. Mehr Infos.

BGI beschleunigt die Genomanalyse mit Grafikprozessoren
Erfahren Sie, wie die chinesischen Genomik-Experten von BGI die DNA-Sequenzierung mit NVIDIA Tesla Grafikprozessoren beschleunigen.

Weitere Erfolgsgeschichten lesen.

– Beschleunigung von HMMER durch Grafikprozessoren Scalable Informatics	MUMmerGPU: DNS-Sequenzalignment mit hohem Durchsatz durch Grafikprozessoren Schatz, et al

Wichtige Bio-Informatik ISVs und Anwendungen mit CUDA

*Zu erwartende Beschleunigung im Vergleich zu einem Quad-Core x64 CPU-basierten System. Beschleunigung gemäß internen Tests bei NVIDIA oder gemäß Herstellerdokumentation zur Anwendung.

CUDA-unterstützte Bioinformatik-Software

• MUMmerGPU: DNS-Sequenzalignment mit hohem Durchsatz durch CUDA
• Smith-Waterman-Code auf Grafikprozessoren
• Smith-Waterman auf CUDA online
• ClustalW auf CUDA: multiples Sequenzalignment mithilfe von CUDA
• Folding@home mit CUDA-fähigen Grafikprozessoren
• LISSOM: Modell des menschlichen Neokortex mithilfe von CUDA
• CUDA-basiertes AutoDock von Silicon Informatics

Fachberichte zum Einsatz von CUDA in der Bioinformatik

• Sequenzalignment
• MUMmerGPU: DNS-Sequenzalignment mit hohem Durchsatz durch Grafikprozessoren
• CUDASW++: Suchen in der Sequenzdatenbank von Smith-Waterman
• Sequenzalignment nach Smith-Waterman mithilfe von CUDA
• Artikel zur Bioinformatik mithilfe von CUDA
• Infernal und Grafikprozessoren: CUDA-beschleunigtes RNS-Alignment, Infernal (INFERence of RNA Alignment)
• SWAMP-Sequenzalignment
• Cmatch: Schnelle Zuordnung der Strings von Protein- und Gensequenzen

• Docking
• 3-D-Protein-Docking
• Beschleunigung von PIPER mit CUDA
• Die Arbeit am Proteindocking an der University of Wisconsin und Videovortrag von David Dynerman
• Jack Collins vom National Cancer Institute spricht über Grafikprozessorberechnungen
• High Performance Computing Pipeline für die Analyse metagenomischer Daten
• MrBayes auf Grafikprozessoren
• Stochastischer Simulationsalgorithmus (SSA) für biologische Systeme
• Selbstorganisierende Rechenmodelle zur menschlichen Sehrinde
• DNS-Microarray-Tool zum Prüfen eines Genausdrucks durch paarweise Berechnung des euklidischen Abstands mithilfe von Grafikprozessoren

CUDA-Beschleunigung in verwandten Themenbereichen

• Medizinische Bildgebung
• Molekulardynamik
• Computerchemie
• Beschleunigung von MATLAB

Weitere Informationen

• Weitere vertikale Lösungen mit Tesla
• Tools und Bibliotheken für die Entwicklung von CUDA-Software