Computerchemie

Derzeit laufen mehrere Projekte zur Codebeschleunigung in der Quantenchemie mithilfe von CUDA-fähigen Grafikprozessoren, unter anderem mit Gaussian und GAMESS. Die unten aufgeführten Grafiken enthalten repräsentative Ergebnisse, gefolgt von Links auf Software und Fachartikel zur Beschleunigung der Chemoinformatik mit CUDA.

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Direkte SCF-Berechnungen (Self-Consistent Field) Ufimtsev und Martinez	Auswertung von Zwei-Elektronenintegralen Koji Yasuda

* Zu erwartende Beschleunigung im Vergleich zu einem Quad-Core x64 CPU-basierten System. Beschleunigung gemäß internen Tests bei NVIDIA oder gemäß Herstellerdokumentation zur Anwendung.

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Download von Molekulardynamik-Software für CUDA

• Wissenswertes über Grafikprozessorbeschleunigung in VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 einschließlich CUDA-Beschleunigung
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
• Bibliothek OpenMM zur Beschleunigung der Molekulardynamik auf Grafikprozessoren
• GROMACS in Verbindung mit OpenMM
• AMBER für CUDA-Port
• LAMPPS für Grafikprozessor-Port
• TeraChem: der erste Softwarecode für die Quantenchemie, der von Grund auf für CUDA-Grafikprozessoren geschrieben wurde
• ACE-MD
• MDGPU
• GPUGrid.net
• BigDFT: elektronischer Strukturcode für die Dichtefunktionaltheorie (DFT) -- Abhandlung als PDF
• PC GAMESS für CUDA

• Todd Martinez' Arbeit über Quantenchemie auf Grafikprozessoren
• Q-Chem für CUDA
• Eine Implementierung der Smooth-Particle-Mesh-Ewald-(SPME-)Methode auf Hardware mit Grafikprozessoren
• Integrale Zwei-Elektronen-Bewertung auf dem Grafikprozessor
• Beschleunigung der FMO-Methode mit CUDA
• Veröffentlichungen zu NAMD und VMD
• Molekulardynamik auf einem Grafikprozessorgitter

• Wissenschaft mit hohem Durchsatz, Hanspeter Pfister, Harvard University
• Grafikprozessor-beschleunigte Molekulardynamik mit AMBER, Scripps Research Institute und San Diego Supercomputer Center
• Grafikprozessor-beschleunigte Visualisierung und Analyse in VMD, University of Illinois at Champaign-Urbana
• Computerbiophysik und langfristige Elektrostatik auf Grafikprozessoren, NVIDIA
• Computerspenden für Grafikprozessoren: Petaflops gratis, UC Berkeley
• Die Nutzung des Grafikprozessors für chirurgisches Training und präoperative Planung, CSIRO
• Grafikprozessor-beschleunigte Solver für gewöhnliche Differenzialgleichungen, die Herzmembrangleichungen beschreiben, UC San Diego
• Rekonstruktion des Gehirns: Extraktion neuronaler Schaltkreise mit CUDA und MPI, Harvard University
• Erfüllung einer biologisch inspirierten Computervision: ein Ansatz für hohen Durchsatz, MIT
• Umfangreiche Simulation der Gitter-QCD mit einem Grafikprozessorcluster, National Taiwan University

• Überblick über die Unterstützung von NVIDIA CUDA in AMBER – gelernte Lektionen, neues Potenzial, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Die Nutzbarmachung der Geschwindigkeit von Grafikprozessoren zur Beschleunigung von Partikelsimulationen mit LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Beschleunigung von Anwendungen zur Molekülmodellierung durch Grafikprozessorberechnungen, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign

• Molekulardynamik
• Beschleunigung von MATLAB
• Bioinformatik und Lebenswissenschaften

• Weitere vertikale Lösungen mit Tesla
• Tools und Bibliotheken für die Entwicklung von CUDA-Software