Computerchemie
Derzeit laufen mehrere Projekte zur Codebeschleunigung in der Quantenchemie mithilfe von CUDA-fähigen Grafikprozessoren, unter anderem mit Gaussian und GAMESS. Die unten aufgeführten Grafiken enthalten repräsentative Ergebnisse, gefolgt von Links auf Software und Fachartikel zur Beschleunigung der Chemoinformatik mit CUDA.
Die neue NVIDIA Tesla Bio Workbench eröffnet Biophysikern und Chemoinformatikern völlig neue Möglichkeiten in der biochemischen Forschung. Wissenschaftliche Arbeitsabläufe werden optimiert und Forschungsergebnisse beschleunigt. Mehr Infos.
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| Direkte SCF-Berechnungen (Self-Consistent Field) Ufimtsev und Martinez |
Auswertung von Zwei-Elektronenintegralen Koji Yasuda |
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Download von Molekulardynamik-Software für CUDA
- Wissenswertes über Grafikprozessorbeschleunigung in VMD
- NAMD 2.7 Beta 2 einschließlich CUDA-Beschleunigung
- HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
- Bibliothek OpenMM zur Beschleunigung der Molekulardynamik auf Grafikprozessoren
- GROMACS in Verbindung mit OpenMM
- AMBER für CUDA-Port
- LAMPPS für Grafikprozessor-Port
- TeraChem: der erste Softwarecode für die Quantenchemie, der von Grund auf für CUDA-Grafikprozessoren geschrieben wurde
- ACE-MD
- MDGPU
- GPUGrid.net
- BigDFT: elektronischer Strukturcode für die Dichtefunktionaltheorie (DFT) -- Abhandlung als PDF
- PC GAMESS für CUDA
- Todd Martinez' Arbeit über Quantenchemie auf Grafikprozessoren
- Q-Chem für CUDA
- Eine Implementierung der Smooth-Particle-Mesh-Ewald-(SPME-)Methode auf Hardware mit Grafikprozessoren
- Integrale Zwei-Elektronen-Bewertung auf dem Grafikprozessor
- Beschleunigung der FMO-Methode mit CUDA
- Veröffentlichungen zu NAMD und VMD
- Molekulardynamik auf einem Grafikprozessorgitter
Veranstaltungen während der GPU Technology Conference
- Wissenschaft mit hohem Durchsatz, Hanspeter Pfister, Harvard University
- Grafikprozessor-beschleunigte Molekulardynamik mit AMBER, Scripps Research Institute und San Diego Supercomputer Center
- Grafikprozessor-beschleunigte Visualisierung und Analyse in VMD, University of Illinois at Champaign-Urbana
- Computerbiophysik und langfristige Elektrostatik auf Grafikprozessoren, NVIDIA
- Computerspenden für Grafikprozessoren: Petaflops gratis, UC Berkeley
- Die Nutzung des Grafikprozessors für chirurgisches Training und präoperative Planung, CSIRO
- Grafikprozessor-beschleunigte Solver für gewöhnliche Differenzialgleichungen, die Herzmembrangleichungen beschreiben, UC San Diego
- Rekonstruktion des Gehirns: Extraktion neuronaler Schaltkreise mit CUDA und MPI, Harvard University
- Erfüllung einer biologisch inspirierten Computervision: ein Ansatz für hohen Durchsatz, MIT
- Umfangreiche Simulation der Gitter-QCD mit einem Grafikprozessorcluster, National Taiwan University
- Überblick über die Unterstützung von NVIDIA CUDA in AMBER – gelernte Lektionen, neues Potenzial, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
- Die Nutzbarmachung der Geschwindigkeit von Grafikprozessoren zur Beschleunigung von Partikelsimulationen mit LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
- Beschleunigung von Anwendungen zur Molekülmodellierung durch Grafikprozessorberechnungen, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
