CUDA in Aktion

CUDA + Forschung

		Viren, die Auslöser vieler Krankheiten, sind die kleinsten bekannten Lebewesen. Aufgrund ihres einfachen Aufbaus beschlossen Wissenschaftler im Bereich der mathematischen Biologie, die Computersimulation einer ganzen Lebensform erstmals an einem Virus zu erproben. Hierfür wurde eines der kleinsten Viren ausgewählt: das Satelliten-Tabakmosaikvirus (STMV). Mithilfe des Programms NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) der University of Illinois in Urbana-Champaign simulierten die Forscher das Virus in einem Tropfen Salzwasser.
Abbildung des STMV mit schützendem Kapsid um das virale Genom.	Ikosahedraler Aufbau des STMV-Kapsids.

NAMD wurde mit CUDA™ auf die 12fache Geschwindigkeit beschleunigt. Beim Betrieb auf einem Grafikprozessor-beschleunigten Cluster des National Center for Supercomputing Applications (NCSA) konnten sogar Beschleunigungen um das bis zu 330fache im Vergleich zu einer einzelnen CPU-Recheneinheit erzielt wurden. Die Wissenschaftler sind zuversichtlich, dass dieser Fortschritt einen wesentlichen Beitrag zur modernen Medizin und zu besserem Verständnis und Behandlungsmöglichkeiten viraler Erkrankungen darstellt.

www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Positionen von Ionen, die das virale Genom binden (orange). Die Lokalisierung erfolgt mit einem CUDA-beschleunigten Programm.