Molekulardynamik

Anwendungen in der Molekulardynamik profitieren besonders von der massiv-parallelen Architektur der NVIDIA Grafikprozessoren. Die unten abgebildeten Grafiken verdeutlichen die Arbeit mit VMD und anderen Softwarepaketen für die Molekulardynamik wie NAMD und HOOMD.

Die neue NVIDIA Tesla Bio Workbench eröffnet Biophysikern und Chemoinformatikern völlig neue Möglichkeiten in der biochemischen Forschung. Wissenschaftliche Arbeitsabläufe werden optimiert und Forschungsergebnisse beschleunigt. Mehr Infos.

Generalized Born-Simulationen in AMBER San Diego Supercomputing Center	Skalierung von NAMD auf einem Grafikprozessor-Cluster Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

Laden Sie den Anwendungskatalog für Life Sciences (auf Englisch) herunter, um mehr über Codes für die Molekulardynamik zu erfahren.

Download von Molekulardynamik-Software für CUDA

• Wissenswertes über Grafikprozessorbeschleunigung in VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 einschließlich CUDA-Beschleunigung
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
• MDGPU
• LAMPPS für Grafikprozessor-Port
• GPUGrid.net
• Bibliothek OpenMM zur Beschleunigung der Molekulardynamik auf Grafikprozessoren
• GROMACS in Verbindung mit OpenMM
• ACEMD, ein Paket zur Biomolekulardynamik
• AMBER für CUDA-Port
• BigDFT: elektronischer Strukturcode für die Dichtefunktionaltheorie (DFT) – Abhandlung als PDF
• TeraChem: der erste Softwarecode für die Quantenchemie, der von Grund auf für CUDA-Grafikprozessoren geschrieben wurde

Fachberichte zur Molekulardynamik auf CUDA

• Schnelleres VASP: Beschleunigung von Berechnungen der elektronischen Struktur anhand von ebenen Wellen auf dem Grafikprozessor
• CUDA-Tutorial von der Supercomputing 2008 zu NAMD und VMD
• Veröffentlichungen zu NAMD und VMD
• Eine Implementierung der Smooth-Particle-Mesh-Ewald-Methode auf Hardware mit Grafikprozessoren
• Beschleunigung von AMBER bei Molekulardynamik-Simulationen auf Grafikprozessoren
• Veröffentlichungen zu HOOMD
• Fluoreszenzmikroskopie
• Reichhaltige Grafikleistung für MD-Simulationen
• Folding@home (unter Nutzung von GROMACS)
• Molekulardynamik mit Ascalaph Liquid

Präsentationen

Veranstaltungen während der GPU Technology Conference

• Auf dem Weg zu routinemäßigen Mikrosekunden-Molekulardynamik-Simulationen auf Standard-Hardware – University of California, San Diego
• Grafikprozessor-beschleunigte Molekulardynamik-Simulationen von festen kovalenten Kristallen – Chinesische Akademie der Wissenschaften
• Fortschritte bei der Grafikprozessor-basierten Molekulardynamik: Festkörper in HOOMD-blue – Joshua Anderson
• Eine innovative, massiv-parallele Software für die Molekulardynamik – IFPEN
• Rechnerbasiertes Screening neuartiger Materialien zur Kohlenstoffbindung – UC Berkeley/Berkely Lab
• Molekulardynamik-Simulationen auf Petascale-Niveau auf Grafikprozessor-beschleunigten Supercomputern – University of Illinois, Urbana-Champaign
• Grafikprozessor-beschleunigte Molekulardynamik-Simulationen der Protein- und RNA-Assemblierung – Wake Forest University
• VMD: Hochleistungsfähige Molekül-Visualisierung und ‑Analyse auf Grafikprozessoren – University of Illinois, Urbana-Champaign
• Untersuchung eines Programmiermodells mit persistenten Threads für GPU Computing – UC Davis
• Volumenvisualisierung auf Petascale-Niveau in der Neurowissenschaft − KAUST
• Grafikprozessor-kompatible Makromolekular-Simulation: Herausforderungen und Chancen – University of Delaware
• Erforschung biologischer Nano-Schnittstellenstrukturen mit Mikrosekunden-Molekulardynamik auf Grafikprozessoren – Case Western Reserve University
• Starke Skalierung für Molekulardynamik-Anwendungen – NVIDIA
• Effiziente Molekulardynamik auf heterogenen Grafikprozessor-Architekturen mit GROMACS – KTH Royal Institute of Technology
• Molekulardynamik, Grafikprozessoren und EC2 – Amazon Web Services

Weitere Präsentationen sind auf GTC On-Demand verfügbar.

Präsentationen von der SC09

• Überblick über die Unterstützung von NVIDIA CUDA in AMBER – gelernte Lektionen, neues Potenzial, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Die Nutzbarmachung der Geschwindigkeit von Grafikprozessoren zur Beschleunigung von Partikelsimulationen mit LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Beschleunigung von Anwendungen zur Molekülmodellierung durch Grafikprozessorberechnungen, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana-Champaign

• Computerchemie
• Medizinische Bildgebung
• Bio-Informatik und Life Sciences
• ArrayFire Grafikprozessor-Funktionenbibliothek für C, C++, FORTRAN
• MATLAB®
• Andere vertikale Tesla Lösungen

• Weitere vertikale Lösungen mit Tesla
• Tools und Bibliotheken für die Entwicklung von CUDA-Software

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ArrayFire ist eine Marke von AccelerEyes