Molekulardynamik

Anwendungen in der Molekulardynamik profitieren besonders von der massiv-parallelen Architektur der NVIDIA Grafikprozessoren. Die unten abgebildeten Grafiken verdeutlichen die Arbeit mit VMD und anderen Softwarepaketen für die Molekulardynamik wie NAMD und HOOMD.

Die neue NVIDIA Tesla Bio Workbench eröffnet Biophysikern und Chemoinformatikern völlig neue Möglichkeiten in der biochemischen Forschung. Wissenschaftliche Arbeitsabläufe werden optimiert und Forschungsergebnisse beschleunigt. Mehr Infos.

Generalized Born-Simulationen in AMBER San Diego Supercomputing Center	Skalierung von NAMD auf einem Grafikprozessor-Cluster Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC

* Zu erwartende Beschleunigung im Vergleich zu einem Quad-Core x64 CPU-basierten System. Beschleunigung gemäß internen Tests bei NVIDIA oder gemäß Herstellerdokumentation zur Anwendung.

Download von Molekulardynamik-Software für CUDA

• Wissenswertes über Grafikprozessorbeschleunigung in VMD
• NAMD 2.7 Beta 2 einschließlich CUDA-Beschleunigung
• HOOMD: Highly Optimized Object Oriented Molecular Dynamics
• MDGPU
• LAMPPS für Grafikprozessor-Port
• GPUGrid.net
• Bibliothek OpenMM zur Beschleunigung der Molekulardynamik auf Grafikprozessoren
• GROMACS in Verbindung mit OpenMM
• ACEMD, ein Paket zur Biomolekulardynamik
• AMBER für CUDA-Port
• BigDFT: elektronischer Strukturcode für die Dichtefunktionaltheorie (DFT) – Abhandlung als PDF
• TeraChem: der erste Softwarecode für die Quantenchemie, der von Grund auf für CUDA-Grafikprozessoren geschrieben wurde

Fachberichte zur Molekulardynamik auf CUDA

• Schnelleres VASP: Beschleunigung von Berechnungen der elektronischen Struktur anhand von ebenen Wellen auf dem Grafikprozessor
• CUDA-Tutorial von der Supercomputing 2008 zu NAMD und VMD
• Veröffentlichungen zu NAMD und VMD
• Eine Implementierung der Smooth-Particle-Mesh-Ewald-Methode auf Hardware mit Grafikprozessoren
• Beschleunigung von AMBER bei Molekulardynamik-Simulationen auf Grafikprozessoren
• Veröffentlichungen zu HOOMD
• Fluoreszenzmikroskopie
• Reichhaltige Grafikleistung für MD-Simulationen
• Folding@home (unter Nutzung von GROMACS)
• Molekulardynamik mit Ascalaph Liquid

Präsentationen

Veranstaltungen während der GPU Technology Conference

• Wissenschaft mit hohem Durchsatz [Keynote], Hanspeter Pfister, Harvard University
• Grafikprozessor-beschleunigte Molekulardynamik mit AMBER, The Scripps Research Institute und San Diego Supercomputer Center
• Grafikprozessor-beschleunigte Visualisierung und Analyse in VMD, University of Illinois at Urbana-Champaign
• Computerbiophysik und langfristige Elektrostatik auf Grafikprozessoren, NVIDIA
• Computerspenden für Grafikprozessoren: Petaflops gratis, UC Berkeley
• Die Nutzung des Grafikprozessors für chirurgisches Training und präoperative Planung, CSIRO
• Grafikprozessor-beschleunigte Solver für gewöhnliche Differenzialgleichungen, die Herzmembrangleichungen beschreiben, UC San Diego
• Rekonstruktion des Gehirns: Extraktion neuronaler Schaltkreise mit CUDA und MPI, Harvard University
• Die Nutzbarmachung der biologisch inspirierten Computer Vision: eine High-Throughput-Methode, MIT
• Umfangreiche Simulation der Gitter-QCD mit einem Grafikprozessorcluster, National Taiwan University

Präsentationen von der SC09

• Überblick über die Unterstützung von NVIDIA CUDA in AMBER – gelernte Lektionen, neues Potenzial, Ross Walker, University of California San Diego, San Diego Supercomputing Center
• Die Nutzbarmachung der Geschwindigkeit von Grafikprozessoren zur Beschleunigung von Partikelsimulationen mit LAMMPS, Paul Crozier, Sandia National Laboratory
• Beschleunigung von Anwendungen zur Molekülmodellierung durch Grafikprozessorberechnungen, John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana-Champaign

• Computerchemie
• Medizinische Bildgebung
• Bio-Informatik und Life Sciences
• MATLAB-Beschleunigung
• Andere vertikale Tesla Lösungen

• Weitere vertikale Lösungen mit Tesla
• Tools und Bibliotheken für die Entwicklung von CUDA-Software