AMBER auf Tesla-Grafikprozessoren
Die Simulationen der expliziten und impliziten Solvatisierung in AMBER wurden mithilfe CUDA-fähiger Grafikprozessoren beschleunigt. Der Einsatz einer auf der CUDA-Architektur basierenden Computing-Lösung mit Tesla-Grafikprozessoren ermöglicht eine mehr als 10-fache Beschleunigung gegenüber einer einzelnen Quad-Core-CPU.
Download und Installation
- AMBER 11 herunterladen (unterstützt CUDA-Grafikprozessoren)
- Simulationen der impliziten Solvatisierung nach der Generalized-Born-Methode
- Simulationen der expliziten Solvatisierung in den kanonischen Ensembles NVE, NVT und NPT
- Installationsanweisungen befinden sich ebenfalls auf der Downloadseite
Benchmarkdaten
Benchmarktest-Daten für explizite Lösungsmittelberücksichtigung (PME Benchmarktest) und implizite Lösungsmittelberücksichtigung (GB Benchmarktest).
Nähere Details finden Sie auf der AMBER 11 NVIDIA Benchmark-Seite. Mit freundlicher Genehmigung desSan Diego Supercomputing Center.
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Technische Veröffentlichungen und Präsentationen
- Neue Publikationen zur Grafikprozessorbeschleunigung in AMBER 11 werden demnächst hier nachgetragen
- SC09: Overview of NVIDIA CUDA Support in AMBER- Lessons Learned, Capabilities Gained – Ross Walker, The San Diego Supercomputer Center, from 2009 GPU Technology Conference
- From 2009 GPU Technology Conference: Computational Biophysics and Long Range Electrostatics on GPUs – Scott Le Grand, NVIDIA
- Weitere Informationen über die Beschleunigung von MD-Anwendungen (molekulardynamischen Anwendungen) mithilfe von CUDA finden Sie auf der Seite zur Molekulardynamik
- Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Quantenchemie-Anwendungen mit dem Grafikprozessor
Diskussionsforen
Interviews / Videos
- SC09 BLOG on NVIDIA nTersect: AMBER Research Code Gets Impressive Gains with NVIDIA CUDA
Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.
EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION
| Desktop Workstation-Konfiguration | Rechenzentrum-Konfiguration |
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LÖSUNGEN FÜR RECHENZENTREN COMPUTING-CLUSTER MIT TESLA-GRAFIKPROZESSOREN Für umfangreiche Rechnerinstallationen
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