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CUDA-BLASTP auf Tesla Grafikprozessoren
CUDA-BLASTP dient zur Beschleunigung der Durchsuchung von Proteinsequenz-Datenbanken mit dem NCBI BLAST Algorithmus durch Nutzung der massiv-parallelen CUDA Architektur von NVIDIA Tesla Grafikprozessoren. Außerdem verfügt CUDA-BLASTP über ein Tool zur Konvertierung von Datenbanken im FASTA Format in Dateien, die von CUDA-BLASTP lesbar sind.
Download und Installation
- CUDA-BLASTP herunterladen
- CUDA-BLASTP Readme - Datei (Installation, Benutzerhandbuch)
Benchmarktest – Daten
CUDA-BLASTP auf einer Workstation mit zwei Tesla C1060 Grafikprozessoren ist 10x schneller als NCBI BLAST (2.2.22) auf einer Intel i7-920 CPU. Das bedeutet eine Beschleunigung der Berechnungsdauer von Minuten auf der CPU auf Sekunden auf dem Grafikprozessor.
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Technische Veröffentlichungen
- Ein technischer Bericht zu CUDA-BLASTP wird in Kürze von der Nanyang Technological University, Singapur erwartet.
- Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor
Diskussionsforen
Grafikprozessorlösungen
Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.
EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION
| Desktop Workstation-Konfiguration | Rechenzentrum-Konfiguration |
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