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GROMACS auf Tesla-Grafikprozessoren

GROMACS ist ein Softwarepaket für die Molekulardynamik, in erster Linie ausgelegt auf Simulationen biochemischer Moleküle wie Proteine, Fette und Nukleinsäuren mit einer Vielzahl komplexer Bindungen und Interaktionen. Jetzt steht der CUDA-Port von GROMACS für die Beschleunigung des Grafikprozessors in der Betaversion zur Verfügung. Er unterstützt die Particle-Mesh-Ewald-Methode (PME-Methode), willkürliche Formen nicht-gebundener Interaktionen sowie Implicit-Solvent-Modelle im Zusammenhang mit der Generalized Born-Methode (GB-Methode).

Download und Installation

• Beta GROMACS CUDA Software
• GROMACS OpenMM Versionshinweise und Installationsanweisungen

Benchmarkdaten

Die CUDA-Version von GROMACS unterstützt zurzeit einen einzelnen Grafikprozessor und erbringt folgende Ergebnisse:

	Daten mit freundlicher Genehmigung des Stockholm Center for Biomembrane Research

Technische Veröffentlichungen

• M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Accelerating Molecular Dynamic Simulation on Graphics Processing Units.” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
• Weitere Informationen über die Beschleunigung von MD-Anwendungen (molekulardynamischen Anwendungen) mithilfe von CUDA finden Sie auf der Seite zur Molekulardynamik.

Diskussionsforen

• GPU-Computing Communities auf GPUcomputing.net

Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.

EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION

Desktop Workstation-Konfiguration	Rechenzentrum-Konfiguration
Grafikprozessoren 1 Tesla C1060 Computing-Grafikprozessor (die CUDA-Version von GROMACS unterstützt bislang nur einen einzelnen Grafikprozessor) CPU und Hauptspeicher 2,33 GHz x86 CPU >16 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla C1060 Grafikprozessor)	Nicht zutreffend (die CUDA-Version von GROMACS ist noch nicht MPI-fähig)

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