GPU-HMMER auf Tesla Grafikprozessoren
GPU-HMMER ist eine Bioinformatik-Software, die das Alignment von Proteinsequenzen mithilfe von Profil-HMMs durchführt. GPU-HMMER nutzt die massiv-parallele CUDA Architektur von NVIDIA Tesla Grafikprozessoren und ist 60-100x schneller als HMMER (2.0).
Download und Installation
Benchmarkdaten
GPU-HMMER beschleunigt das hmmsearch Tool mithilfe des Grafikprozessors um das 60- bis 100fache. GPU-HMMER kann auf mehreren Grafikprozessoren in einer Workstation betrieben werden und so die Suchdauer von Stunden (auf der CPU) auf Minuten (auf dem Grafikprozessor) reduzieren.
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Technische Veröffentlichungen
- "Evaluating the use of GPUs in Liver Image Segmentation and HMMER Database Searches, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli, and V. Chaudhary: International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), 2009
- Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor
Diskussionsforen
Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.
EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION
| Desktop Workstation-Konfiguration | Rechenzentrum-Konfiguration |
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