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NAMD auf Tesla-Grafikprozessoren

Das Team der University of Illinois at Urbana-Champaign (UIUC) in den USA arbeitet an der CUDA-Beschleunigung für NAMD, und zwar bereits seit 2007. Im Rahmen dieser Arbeiten führte es Skalierungsexperimente auf einem NCSA Tesla-basierten Lincoln-Cluster durch und wies nach, dass 4 Tesla-Grafikprozessoren in ihrer Leistung 16 Quad-Core-CPUs übertreffen können.

Download und Installation

• Binaries für HOOMD-blue
• Dokumentation (Installationsanleitung, Quickstart-Tutorials)

Benchmarkdaten

NAMD lässt sich auf einem Cluster von Tesla-Grafikprozessoren sehr gut skalieren, wie die folgenden Ergebnisse zeigen.

Daten mit freundlicher Genehmigung von Michigan

Technische Artikel

• Weitere Informationen über die Beschleunigung von MD-Anwendungen (molekulardynamischen Anwendungen) mithilfe von CUDA finden Sie auf der NVIDIA-Seite zur Molekulardynamik.

Interviews / Videos

• Rechnergestützte Naturwissenschaften und Shampoo - Temple University

Anwendungsbeispiele

• NCSA, November 2009: Die Grafikprozessoren im Lincoln Cluster der NCSA beschleunigen Molekulardynamik-Simulationen für die Entwicklung von Reinigungsmitteln und therapeutischen Systemen

Diskussionsforen

• GPU-Computing Communities auf GPUcomputing.net

Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.

EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION

Desktop Workstation-Konfiguration	Rechenzentrum-Konfiguration
Grafikprozessoren 1 Tesla C1060 Computing-Grafikprozessor (die CUDA-Version von HOOMD unterstützt bislang nur einen einzelnen Grafikprozessor) CPU und Hauptspeicher 2,33 GHz x86 CPU >16 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla C1060 Grafikprozessor)	Nicht zutreffend (die CUDA-Version von HOOMD ist noch nicht MPI-fähig)

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