Tesla Bio Workbench

LAMMPS auf Tesla-Grafikprozessoren

 

Bei LAMMPS handelt es sich um ein klassisches Softwarepaket für die Molekulardynamik, das für die Ausführung auf parallel arbeitenden Maschinen geschrieben wurde. Bei der CUDA-Version von LAMMPS erfolgt die Beschleunigung dadurch, dass der Löwenanteil der Berechnungen an den Grafikprozessor abgebeben wird.

Download und Installation

  • LAMMPS für Grafikprozessoren
    • Der Programmcode von LAMMPS für Grafikprozessoren (GPU-LAMMPS) ist MPI-fähig und auf einen großen Grafikprozessorcluster skalierbar.

Benchmarkwerte

LAMMPS auf Grafikprozessoren ist, wie aus den nachstehenden Ergebnissen erkennbar, sehr gut skalierbar. Dabei übertreffen bei der Ausführung von GPU-LAMMPS sogar zwei Tesla-Grafikprozessoren 24 CPUs.

LAMMPS Results on CPU vs GPU Clusters
Daten mit freundlicher Genehmigung von Scott Hampton und Pratul K. Agarwal, Oak Ridge National Laboratory

Fachunterlagen und Präsentationen

Diskussionsforen

Grafikprozessorlösungen

Die Anwendungen der Tesla Bio Workbench lassen sich auf Grafikprozessor-basierten Desktop-Personal-Supercomputern oder bei Lösungen in Rechenzentren einsetzen. Diese Lösungen bauen auf der revolutionären, massiv-parallelen CUDA-Architektur auf und wurden daraufhin entwickelt, dass sie das Tempo der Informatik beschleunigen.

EMPFOHLENE HARWAREKONFIGURATION

Konfiguration für Desktop-Workstations Konfiguration für Rechenzentren
  • Grafikprozessoren
    • 4 Grafikprozessoren Tesla C1060
  • CPU und Hauptspeicher
    • x86-CPU mit mind. 2,33 GHz
    • über 16 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla-C1060-Grafikprozessor)
  • Grafikprozessoren pro Knoten
    • entweder Tesla S1070 (mit 4 Grafikprozessoren in 1 HE) oder Hybridserver mit M1060-Grafikprozessoren
  • CPU und Hauptspeicher
    • x86-CPU mit 2,33 GHz pro Server
    • 16 GB pro Server

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