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CUDA-MEME auf Tesla Grafikprozessoren

CUDA-MEME ist eine Motiverkennungssoftware, die auf MEME (Version 3.5.4) basiert. CUDA-MEME beschleunigt MEME mithilfe der massiv-parallelen CUDA Architektur der NVIDIA Tesla Grafikprozessoren.

Download und Installation

• CUDA-MEME herunterladen
• Installationsanweisungen und Benutzerhandbuch sind im Software-Download enthalten.

Benchmarktest – Daten

CUDA-MEME auf einem Tesla C1060 Grafikprozessor ist bis zu 23x schneller als MEME auf einer x86 CPU. Das bedeutet eine Beschleunigung der Berechnungsdauer von Stunden auf der CPU auf Minuten auf dem Grafikprozessor. Folgende Tabelle enthält Daten im OOPS-Modus (ein Auftreten pro Sequenz) für vier Datensätze.

Technische Veröffentlichungen

• "CUDA-MEME: Accelerating Motif Discovery in Biological Sequences Using CUDA-enabled Graphics Processing Units, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, Oktober 2009
• "GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences, C. Chen et al, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
• Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor

Discussion Forums

• GPU-Computing Communities auf GPUcomputing.net

Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.

EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION

Desktop Workstation-Konfiguration	Rechenzentrum-Konfiguration
Grafikprozessoren 1 Tesla C1060 Computing-Grafikprozessor (die CUDA-Version von MEME unterstützt bislang nur einen einzelnen Grafikprozessor) CPU und Hauptspeicher 2,33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla C1060 Grafikprozessor)	Nicht zutreffend (die CUDA-Version von MEME ist noch nicht MPI-fähig)

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