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MUMmerGPU auf Tesla Grafikprozessoren

MUMmerGPU ist eine Bioinformatik-Software für das Hochdurchsatz-Sequenzalignment auf dem Grafikprozessor. MUMmerGPU beschleunigt das Alignment mehrerer Suchsequenzen gegen eine einzelne Referenzsequenz durch Nutzung der massiv-parallelen CUDA Architektur von NVIDIA Tesla Grafikprozessoren.

Download und Installation

• Download MUMmerGPU
• Installationsanweisungen sind im Software-Download enthalten.

Benchmarkdaten

MUMmerGPU (Version 2.0) ermöglicht eine Beschleunigung um das 3-4fache im Vergleich zum Betrieb von MUMmer auf der CPU. Die Daten in folgender Tabelle basieren auf MUMmerGPU Version 1.0 und werden in Kürze aktualisiert.

Daten mit freundlicher Genehmigung der University of Maryland

Technische Veröffentlichungen und Präsentationen

• "High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units", M. Schatz et al.: BMC Bioinformatics 2007
• "Optimizing data intensive GPGPU computations for DNA sequence alignment", C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Aug 2009
• Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor

Diskussionsforen

• GPU-Computing Communities auf GPUcomputing.net

Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.

EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION

Desktop Workstation-Konfiguration	Rechenzentrum-Konfiguration
Grafikprozessoren 1 Tesla C1060 Computing-Grafikprozessor (die CUDA-Version von MUMmer unterstützt bislang nur einen einzelnen Grafikprozessor) CPU und Hauptspeicher 2,33 GHz x86 CPU >8 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla C1060 Grafikprozessor)	Nicht zutreffend (die CUDA-Version von MUMmer ist noch nicht MPI-fähig)

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