Tesla

CUDASW++ auf Tesla Grafikprozessoren

 

CUDASW++ ist eine Bioinformatik-Software zur Beschleunigung der Suche in Protein-Datenbanken mit dem Smith-Waterman-Algorithmus. Durch Nutzung der massiv-parallelen CUDA-Architektur der NVIDIA Tesla Grafikprozessoren kann die Sequenzsuche 10x-50x schneller als mit NCBI BLAST durchgeführt werden. CUDASW++ unterstützt Suchanfragen bis zu einer Länge von 59 K.

Download und Installation

Benchmarkdaten

CUDASW++ kann auf mehreren Tesla Grafikprozessoren betrieben werden und liefert Ergebnisse 10x-50x schneller als NCBI BLAST. CUDASW++ erreicht bis zu 30 GCUPs bei Suchanfragen mit Längen über 5000. Im Gegensatz zum heuristischen BLAST-Algorithmus führt CUDASW++ optimales lokales Alignment mit dem Smith-Waterman-Algorithmus durch.

CUDASW++

Technische Veröffentlichungen

Diskussionsforen

Grafikprozessorlösungen

Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.

EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION

Desktop Workstation-Konfiguration Rechenzentrum-Konfiguration
  • Grafikprozessoren
    • 2 Tesla C1060 Computing-Grafikprozessor

  • CPU und Hauptspeicher
    • 2.33 GHz x86 CPU
    • >8 GB (4 GB Hauptspeicher pro Tesla C1060 Grafikprozessor)
  • Nicht zutreffend (CUDA-SW++ ist noch nicht MPI-fähig)

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