CUDASW++ auf Tesla Grafikprozessoren
CUDASW++ ist eine Bioinformatik-Software zur Beschleunigung der Suche in Protein-Datenbanken mit dem Smith-Waterman-Algorithmus. Durch Nutzung der massiv-parallelen CUDA-Architektur der NVIDIA Tesla Grafikprozessoren kann die Sequenzsuche 10x-50x schneller als mit NCBI BLAST durchgeführt werden. CUDASW++ unterstützt Suchanfragen bis zu einer Länge von 59 K.
Download und Installation
- CUDASW++ herunterladen
- CUDASW++ Versionshinweise (Installation, Benutzerhandbuch)
Benchmarkdaten
CUDASW++ kann auf mehreren Tesla Grafikprozessoren betrieben werden und liefert Ergebnisse 10x-50x schneller als NCBI BLAST. CUDASW++ erreicht bis zu 30 GCUPs bei Suchanfragen mit Längen über 5000. Im Gegensatz zum heuristischen BLAST-Algorithmus führt CUDASW++ optimales lokales Alignment mit dem Smith-Waterman-Algorithmus durch.
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Technische Veröffentlichungen
- "CUDASW++: optimizing Smith-Waterman sequence database searches for CUDA-enabled graphics processing units, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
- Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor
Diskussionsforen
Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.
EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION
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