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UGENE auf Tesla Grafikprozessoren
Unipro UGENE ist ein kostenloses, plattformübergreifendes Bioinformatik-Softwarepaket, das häufig verwendete Biologietools mit einer flexiblen Benutzeroberfläche kombiniert. UGENE verwendet moderne NVIDIA Tesla Grafikprozessoren zur Optimierung von Berechnungen, um maximale Rechenleistung zu liefern. UGENE umfasst eine CUDA-beschleunigte Implementierung des Smith-Waterman-Algorithmus und einen extrem schnellen Aligner für kurze DNA-Sequenzen, der für CUDA Grafikprozessoren optimiert ist.
Download and Installation
- Unipro UGENE herunterladen
- Sofort einsatzbereit auf MS Windows, Linux und Mac OS X
- Inklusive CUDA-beschleunigtem Smith-Waterman-Algorithmus und schnellem Aligner für kurze Sequenzen
- UGENE Benutzerhandbuch (Installation und Dokumentation)
Benchmark-Testergebnisse
Der CUDA-beschleunigte Smith-Waterman-Algorithmus liefert eine 9-fache Beschleunigung im Vergleich zur Parallelimplementierung des Algorithmus (wie im UGENE Paket enthalten) und eine 40-fache Beschleunigung im Vergleich zur herkömmlichen Implementierung. Nähere Infos finden Sie auf der Webseite zum UGENE Benchmarktest.
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Technische Veröffentlichungen und Präsentationen
- Tech-report: “Einsatz von GPGPUs zur Beschleunigung der Alignierung kurzer DNA-Sequenzen im Unipro UGENE Projekt”
- Weitere Veröffentlichungen zur Beschleunigung von Bioinformatik-Anwendungen mit dem Grafikprozessor
Diskussionsforen
Interviews / Videos
- UGENE podcast: Lokales Sequenz-Alignment mit dem Smith-Waterman-Algorithmus
GRAFIKPROZESSOR LÖSUNGEN
Tesla Bio Workbench Anwendungen können auf Grafikprozessor-basierten Desktop-Personal-Supercomputern oder in Rechenzentren implementiert werden. Diese auf der innovativen, massiv-parallelen CUDA Architektur basierenden Lösungen sind auf die Beschleunigung wissenschaftlicher Berechnungen ausgelegt:
EMPFOHLENE HARDWARE-KONFIGURATION
| Desktop Workstation-Konfiguration | Rechenzentrum-Konfiguration |
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