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VMD auf Tesla-Grafikprozessoren
VMD ist ein Visualisierungsprogramm für Molekularstrukturen, ausgelegt auf die Anzeige, Animation und Analyse großer biomolekularer Systeme mithilfe von 3D-Grafiken und eingebauten Skripten. Einige der wichtigsten Kernels und Anwendungen in VMD nutzen mittlerweile die massiv-parallele CUDA-Architektur der Grafikprozessoren von NVIDIA. Werden diese Anwendungen auf einem Grafikprozessor von NVIDIA mit CUDA-Architektur ausgeführt, so laufen sie 20- bis 100-mal schneller, als wenn sie lediglich auf einer CPU ausgeführt werden. Im Folgenden finden Sie weitere Ausführungen dazu.
Download und Installation
Benchmarkdaten
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| Daten mit freundlicher Genehmigung der Theoretical and Computational Bio-physics Group, UIUC (University of Illinois at Urbana-Champaign) |
Auf der NVIDIA-Seite zu vertikalen Lösungen für die Molekulardynamik finden Sie mehrere detaillierte Benchmarkdaten zur Ausführung von VMD auf Grafikprozessoren.
Präsentationen
- Unter der Adresse http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/#publications finden Sie mehrere Publikationen und Präsentationen zur Beschleunigung von VMD und NAMD mithilfe von Grafikprozessoren.
- From SC09: Accelerating Molecular Modeling Applications with GPU Computing - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
- From 2009 GPU Technology Conference: GPU Accelerated Visualization and Analysis in VMD - John Stone, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinois at Urbana Champaign
- Weitere Informationen über die Beschleunigung von MD-Anwendungen (molekulardynamischen Anwendungen) mithilfe von CUDA finden Sie auf der Seite zur Molekulardynamik.
Interviews / Videos
- Von der SC09: John Stone von der University of Illinois spricht über die 412fache Beschleunigung von VMD mit Grafikprozessoren
- SC09 BLOG auf NVIDIA nTersect: Studying the H1N1 Virus using NVIDIA GPUs
Diskussionsforen
Grafikprozessorlösungen
Grafikprozessorlösungen gibt es in Form von Lösungen für Supercomputing-Desktop-PCs, die in ihrer Leistung einen aus 32 Knoten bestehenden CPU-Cluster übertreffen können, oder in Form von Cluster-Lösungen, die die Leistung eines herkömmlichen großen Supercomputers erbringen können, allerdings zu 1/10 der Kosten und mit 1/20 des Stromverbrauchs. Die Lösungen basieren auf der revolutionären CUDA-Architektur und erschließen der Computational Science (rechnergestützten Naturwissenschaft) neue Dimensionen der Verarbeitungsgeschwindigkeit.
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LÖSUNGEN FÜR RECHENZENTREN COMPUTING-CLUSTER MIT TESLA-GRAFIKPROZESSOREN Für umfangreiche Rechnerinstallationen
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